Berdirinya UIN Antasari (yang sebelumnya bernama IAIN Antasari), diawali oleh adanya kesadaran tentang penyempurnaan Pendidikan Islam, yang sudah menjadi kebutuhan mendesak masyarakat Kalimantan Selatan saat itu.
Hal ini dilanjutkan pada Kongres Umat Islam Kalimantan, pada 15–19 Juli 1947, dilanjutkan Kongres Serikat Muslimin Indonesia pada 17–20 Januari 1948 di Banjarmasin.
Kemudian pada 28 Februari 1948 di Barabai, terbentuklah Badan Persiapan Sekolah Tinggi Islam Kalimantan, yang diketuai H. Abdurrahman Ismail, M.A.
Cita-cita ini perlahan dirintis, dengan berdirinya Fakultas Agama Islam pada 21 September 1958, seiring terbentuknya Universitas Lambung Mangkurat. Fakultas itu kemudian berubah nama menjadi Islamologi pada 1960, yang kemudian pada 24 November berganti nama lagi menjadi Fakultas Syariah, dan berpindah ke naungan IAIN Jami’ah Yogyakarta Cabang Banjarmasin.
Di perjalanannya, Gubernur H. Maksid ikut membantu turun tangan, sampai pada September 1961 berdirilah 3 Fakultas Agama di tiga kabupaten, yakni Fakultas Ushuluddin di Amuntai, Fakultas Tarbiyah di Barabai, dan Fakultas Adab di Kandangan.
Hubungan koordinasi yang sebelumnya dilakukan melalui badan koordinator, kemudian ditingkatkan dan disepakati untuk mendirikan Universitas Islam Antasari (Unisan), yang diumumkan pada 17 Mei 1962.
Setelah melalui proses yang panjang, pada 20 Nopember 1964, berdasarkan Keputusan Menteri Agama, Unisan resmi menjadi IAIN Al Jami’ah Antasari yang berkedudukan di Banjarmasin, dengan rektor pertama Zafri Zamzam.
Pada perkembangannya, didirikan banyak cabang di berbagai daerah hingga tembus 9 Fakultas, yang kemudian pada 1978, mulai dipindahkan ke Banjarmasin, hingga tersisa menjadi 4 fakultas, yakni Syariah, Tarbiyah, Dakwah, dan Ushuluddin.
Pada tahun 1999, Rektor Prof. Drs. K.H. M. Asywadie Syukur, Lc., menginisiasi pendirian Program Pascasarjana. Akhirnya, Program tersebut resmi dibuka pada 2 Oktober 2000.
Di masa Rektor Prof. Dr. H. Kamrani Buseri, M.A., dirintislah perubahan status menuju universitas, seiring dengan adanya kewenangan yang lebih luas, atau wider mandate.
Upaya ini dilanjutkan di masa Prof. Dr. H. Akh. Fauzi Aseri, M.A., hingga akhirnya berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 36 Tahun 2017 Tentang Universitas Islam Negeri Antasari Banjarmasin tanggal 3 April 2017, IAIN Antasari Banjarmasin beralih status menjadi UIN Antasari Banjarmasin.
Seiring dengan perubahan alih status ini, didirikan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Hal tersebut menjadikan UIN Antasari Banjarmasin memiliki 5 Fakultas, ditambah Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Syariah, Fakultas Ushuluddin dan Humaniora, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, serta Program Pascasarjana. Sampai hari ini, terdapat 40 program studi yang tersebar di lima fakultas dan Pascasarjana.
Dalam perkembangannya, mulai 2018 s.d. 2022, dilaksanakanlah pembangunan 10 gedung di Kampus 2, Guntung Mangis, Banjarbaru. Sejak 2022, Kampus 2 sudah dipergunakan oleh civitas academica.
Sepanjang 60 tahun, dari 1964 sampai dengan 2024, IAIN/UIN Antasari Banjarmasin telah dipimpin oleh:
- Zafry Zamzam, B.A.
- Mastur Jahri, Lc., M.A.
- H. Muhammad Asy’ari, M.A.
- Dr. H. Alfani Daud, M.A.
- Drs. K.H. Asywadie Syukur, Lc.
- Dr. H. Kamrani Buseri, M.A.
- Dr. H. Akh. Fauzi Aseri, M.A., dan
- Dr. H. Mujiburrahman, M.A.