Universitas Islam Negeri Antasari Banjarmasin sebelum beralih status pada tahun 2017, dikenal oleh masyarakat dengan Institut Agama Islam Negeri Antasari Banjarmasin yang didirikan pada tanggal 20 November 1964. Sejak 1964, terdapat 8 pemimpin/rektor yang memimpin IAIN Antasari Banjarmasin. Rektor pertama IAIN Antasari Banjarmasin adalah K.H. Zafri Zamzam. Saat awal kepemimpinannya, terdapat 4 fakultas yang berdiri yaitu Fakultas Syariah di Banjarmasin, Fakultas Syariah di Kandangan, Fakultas Tarbiyah di Barabai, dan Fakultas Ushuluddin di Amuntai. Selanjutnya berdiri Fakultas Tarbiyah di Banjarmasin diikuti Fakultas Tarbiyah cabang Martapura, cabang Rantau, dan cabang Kandangan. Fakultas baru yang didirikan kemudian pada tahun 1970 adalah Fakultas Dakwah di Banjarmasin. Pada akhirnya, IAIN Antasari memiliki 9 fakultas di akhir kepemimpinan Zafri Zamzam.
Pada tahun 1973, di bawah kepemimpinan Rektor kedua, H. Mastur Jahri, MA., diputuskan bahwa semua Fakultas Tarbiyah disatukan menjadi Fakultas Tarbiyah di Banjarmasin. Beliau juga melanjutkan penyatuan fakultas lainnya menjadi satu fakultas seperti Fakultas Syariah Kandangan menjadi Fakultas Syariah bertempat di Banjarmasin dan Fakultas Ushuluddin Amuntai juga dipindah ke Banjarmasin tahun 1978. Hal ini menjadikan IAIN Antasari memiliki 4 fakultas di Banjarmasin yakni Fakultas Syariah, Fakultas Tarbiyah, Fakultas Dakwah, dan Fakultas Ushuluddin.
Rektor kelima yaitu Prof. Drs. K.H. M. Asywadie Syukur, Lc., menginisiasi pendirian Program Pascasarjana pada tahun 1999 dengan menyusun sebuah tim untuk merancang proposal pendirian yang dipresentasikan di Departemen Agama Pusat Jakarta. Akhirnya, Program Pascasarjana IAIN Antasari Banjarmasin resmi dibuka pada 2 Oktober 2000.
Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 36 Tahun 2017 Tentang Universitas Islam Negeri Antasari Banjarmasin tanggal 3 April 2017, IAIN Antasari Banjarmasin beralih status menjadi UIN Antasari Banjarmasin dengan rektor pertama yakni Prof. Dr. H. Akh. Fauzi Aseri, M.A. Seiring dengan perubahan alih status ini, didirikan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Hal tersebut menjadikan UIN Antasari Banjarmasin memiliki 5 Fakultas yakni Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Syariah, Fakultas Ushuluddin dan Humaniora, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam serta Program Pascasarjana.